《辦法》規(guī)定，項目運行管理工作實行“誰審批、誰監(jiān)管”和“誰建設、誰負責”的原則，明確了項目管理部門和項目運行主體的管理職責；在體系管理上，按照種質資源保護與利用、育種創(chuàng)新、測試評價、良種繁育等4個項目類別，實行體系化掛牌管理，并依托農(nóng)業(yè)農(nóng)村部建設的項目管理平臺，及時調度匯總項目運行管理數(shù)據(jù)信息，提交項目運行總體狀況分析報告；在項目運行管理上，實行項目承擔單位法人責任制，要求各單位強化日常管理和運行維護，保障項目持續(xù)運行；在績效評價上，按照項目類別實行分類評價，績效評價可以采取運行在線監(jiān)測、現(xiàn)場核查、第三方評價等多種方式，每三年組織一次。強化績效評價結果運用，將評價結果與支持政策掛鉤，并制定了相應獎懲措施。

　　近年來，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部大力推進實施現(xiàn)代種業(yè)提升工程，強化種業(yè)基礎設施建設，改善種業(yè)發(fā)展條件，提升我國種業(yè)自主創(chuàng)新能力和國際競爭力，推動我國由種業(yè)大國向種業(yè)強國轉變。

　　據(jù)了解，項目重點支持農(nóng)業(yè)種質資源保護、提升自主創(chuàng)新能力、提升種業(yè)綜合生產(chǎn)能力等方向，并立足于建設一批標志性的世紀工程，謀劃一批重大項目。自現(xiàn)代種業(yè)提升工程實施以來，種質資源保護成效顯著，國家種質資源保護體系、畜禽遺傳資源保護體系初步形成，建成國家級水產(chǎn)原良種場86個，國家級水產(chǎn)種質資源保護區(qū)535處，國家級海洋生物種質資源庫已啟動建設，水產(chǎn)種質遺傳資源保護體系進一步完善；育種創(chuàng)新能力顯著提升，先后選育推廣一批水稻、小麥、玉米、大豆、油菜籽及果菜茶等作物品種。通過國審和省審品種2257個，新品種保護授權數(shù)量達1990個，占所有申請新品種保護數(shù)量的41％。同時，企業(yè)逐步成為育種創(chuàng)新重要主體。畜禽種業(yè)方面，形成了以資源場、原種場和擴繁場為基礎，質量檢測中心、品種性能測定站、遺傳評估中心為保障的畜禽良種繁育體系，種畜禽生產(chǎn)水平不斷提高。水產(chǎn)種業(yè)基本建立了主要養(yǎng)殖品種良種培育技術體系，“十二五”以來，國家審定水產(chǎn)新品種達115個；測試評價水平再上新臺階，初步形成了植物新測試評價體系，年測試品種約2400個，分子測試能力穩(wěn)步提高。初步具備了對主要畜禽養(yǎng)殖品種進行性能測定和質量檢測的能力；農(nóng)作物種子生產(chǎn)格局持續(xù)優(yōu)化，供種保障基礎不斷夯實。2019年，雜交水稻制種向閩、湘、蘇、川、瓊、贛等六省集中，制種面積共計114.57萬畝，產(chǎn)量2億公斤，分別占全國的83.18％和84.04％。雜交玉米種子向甘肅、新疆快速集中，制種面積合計201.88萬畝，產(chǎn)量8.35億公斤，分別占全國的79％和84％；種畜禽產(chǎn)業(yè)布局進一步優(yōu)化，畜禽種業(yè)龍頭企業(yè)不斷發(fā)展壯大，市場集中度逐步提高，核心育種場良種登記、性能測定等基礎性育種工作穩(wěn)步推進。水產(chǎn)苗種大部分品種基本實現(xiàn)自給。2019年，全國淡水魚類苗種生產(chǎn)量13000余億尾，海水魚類苗種產(chǎn)量120余億尾，蝦苗產(chǎn)量13000余億尾，貝類苗種約28000億粒以上；海水養(yǎng)殖的最大品種大黃魚從瀕危物種走上普通百姓餐桌，年育苗量30余億尾，并通過增殖放流使野生資源得到一定恢復。

　　據(jù)統(tǒng)計，“十二五”以來，現(xiàn)代種業(yè)提升工程圍繞種質資源保護利用、育種創(chuàng)新、測試評價、良種繁育四個關鍵環(huán)節(jié)，共安排建設項目1683個，總投資116億元，中央投資77.2億元。其中，農(nóng)作物種業(yè)項目842個，總投資66.4億元，中央投資48.9億元；畜禽種業(yè)項目569個，總投資35.7億元，中央投資19億元；水產(chǎn)種業(yè)項目272個，總投資近14億元，中央投資9.3億元。